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Mare di Bering, anno 2005. L'ex agente speciale Solid Snake della FOX-HOUND viene prelevato con la forza dalla sua casa in Alaska e messo in contatto con il colonnello Roy Campbell: dovrà svolgere una missione nel deposito di testate nucleari dell'isola di Shadow Moses. L'impianto è stato occupato da terroristi guidati dagli attuali membri dell'unità FOX-HOUND campeggiati da Liquid Snake: come Solid Snake nota in una fotografia, le sue fattezze e quelle di Liquid sono praticamente identiche. I terroristi vogliono i resti di Big Boss e chiedono un riscatto in denaro al governo degli Stati Uniti: se non l'otterranno, scaglieranno missili nucleari sul territorio americano. La FOX-HOUND agisce in alleanza con il corpo speciale Next Generation, una squadra di soldati senza alcuna reale esperienza di battaglia ma con una grandissima preparazione ottenuta nell' addestramento in Realtà Virtuale. L'obiettivo di Snake è infiltrarsi nella base, capire se i terroristi hanno realmente la capacità di lanciare una testata nucleare e, se così fosse, impedire che possano farlo; deve inoltre salvare il presidente della ArmsTech, Kenneth Baker, e il direttore della DARPA, Donald Anderson, entrambi trattenuti dai terroristi come ostaggi. Il colonnello, in confidenza, chiede a Snake di salvare anche sua nipote Meryl, presente nella struttura sequestrata. Prima di partire, la dottoressa Naomi Hunter gli pratica un'iniezione di nanoidi e di peptidi anticongelanti, per prevenirne il congelamento viste le temperature artiche che dovrà affrontare.
Snake accetta l'incarico e si infiltra nella base via mare con attrezzature da immersione. Raggiunge l'eliporto, dove fa conoscenza via Codec con Mei Ling, e nota il capo dei terroristi, Liquid, salire su un Hind D per contrastare un attacco aereo ordinato dal colonnello come diversivo per facilitare l'infiltrazione di Snake. Oltrepassato l'eliporto e il deposito dei carri armati, viene contattato dal suo vecchio maestro McDonnel "Master" Miller, che gli offrirà supporto per tutta la missione. Snake accede alla cella dove è imprigionato il direttore della DARPA attraverso il sistema di ventilazione. L'uomo informa Snake che i terroristi non solo dispongono di un armamento nucleare, ma anche di una nuova, rivoluzionaria, arma capace di lanciare missili atomici: il carro armato bipede sviluppato segretamente a Shadow Moses conosciuto come Metal Gear REX, che si trova in un hangar della base. Anderson continua dicendo che per poter lanciare una testata nucleare bisogna immettere due codici di lancio, uno dei quali è in possesso di Kenneth Baker (tenuto prigioniero in un piano interrato non lontano) mentre l'altro era conosciuto dallo stesso Anderson, il quale, però, l'ha rivelato ai terroristi dopo la lettura della sua mente da parte del telepate di FOX-HOUND, Psycho Mantis. Il modo migliore per disarmare i terroristi, spiega ancora Anderson, sembra essere l' inserimento di tre chiavi PAL nel terminale di comando. Le tre chiavi PAL, però, sono in mano a Kenneth Baker. Anderson chiede a Snake se la Casa Bianca ha intenzione di sottostare alle richieste dei terroristi ma Snake risponde che non ne sa niente e che non è affar suo. Subito dopo, il direttore della DARPA muore improvvisamente, colto da quello che sembra essere un infarto. Uscito dalla cella, Snake si imbatte in una ignota donna soldato che, dopo averlo aiutato a combattere alcune guardie, fugge subito via attraverso un ascensore. Subito dopo, Snake ha un breve visione indotta da Psycho Mantis.
Sfruttando le informazioni di Anderson, Snake trova Kenneth Baker, rinchiuso al secondo piano interrato della struttura e legato a un pilastro tramite fili collegati a del C-4, ma prima di poterlo liberare ingaggia una sparatoria contro Revolver Ocelot, un membro della FOX-HOUND. Un misterioso ninja irrompe improvvisamente durante il combattimento, tagliando di netto la mano destra di Ocelot e l'esplosivo al quale è collegato Baker, liberandolo; Ocelot fugge e il ninja scompare, colto da una crisi, mentre Snake aiuta Baker a riprendersi. Il presidente rileva che il suo codice di lancio è in possesso dei terroristi, infatti pur riuscendo a resistere alla lettura mentale di Psycho Mantis (grazie a degli innesti nel cervello), ha ceduto dopo le torture fisiche di Ocelot. Baker rileva che anche il direttore della DARPA dovrebbe avere gli innesti per proteggere il proprio codice. Snake è stranito da questa informazione in quanto il direttore gli aveva detto che i terroristi avevano scoperto il suo codice proprio leggendogli la mente. Comunque i terroristi ora sono in grado di lanciare la testata e l'unica speranza per impedire il lancio è usare le tre schede PAL di blocco d'emergenza. Baker afferma di non avere più le chiavi ma di averle date ad una donna soldato che ha categoricamente rifiutato di far parte dei terroristi. Baker parla poi a Snake di uno scienziato capace di dirgli il metodo migliore per distruggere il REX nel caso il PAL non dovrebbe funzionare: ovvero l'ingegnere capo del progetto REX, Hal "Otacon" Emmerich, che si trova nel secondo complesso della base. Baker dà a Snake un disco ottico con tutte le informazioni raccolte sul Metal Gear REX e la frequenza codec della donna soldato precedentemente incontrato da Snake, che si rivela essere Meryl Silverburgh, la nipote del colonnello Campbell, alla quale ha lasciato le schede di sicurezza PAL valide per evitare il lancio. Afferma inoltre di aver riconosciuto il ninja come l'"oscuro segreto di FOX-HOUND", un soldato genetico sperimentale. Snake gli chiede perché il direttore della DARPA e lui si trovassero nella base in quel momento: Baker risponde che dovevano eseguire un test per verificare i dati teorici del Metal Gear REX nella pratica. Alla domanda sul perché erano necessari test se l'arma utilizzava una tecnologia già conosciuta, Baker viene improvvisamente colpito dallo stesso malore del direttore della DARPA; accusando il Pentagono della sua morte, si accascia inerme dopo aver detto a Snake che "loro" lo stanno usando, non riuscendo ad aggiungere altro.
Snake entra in contatto con Meryl e riesce ad accedere in un nuovo settore del complesso di Shadow Moses, il deposito di stoccaggio delle testate nucleari smantellate, ma prima di arrivarci ha uno scontro con un altro membro FOX-HOUND, Vulcan Raven, che lo attacca da un Carro M1, ma l'infiltrato ha la meglio. Anche grazie all'aiuto di un personaggio che lo contatta via Codec dall'interno della base e che si fa chiamare "Gola Profonda", Snake trova il Dottor Emmerich al secondo piano interrato della struttura di stoccaggio e, dopo aver sconfitto a mani nude il cyborg ninja (che scopre essere Frank Jaeger, il vecchio amico Gray Fox creduto morto nella missione di Zanzibar Land) che l'ha soccorso contro Ocelot, salva lo scienziato. Snake entra in contatto con Meryl per avvisarla del recupero dell'ignegnere e, dopo aver registrato la frequenza Codec di Otacon, si ricongiunge con lei. Nell'ufficio del comandante, Meryl cadrà di nuovo sotto il controllo di Psycho Mantis, al punto da mirare verso il compagno con la sua Desert Eagle. Snake riesce a stordirla, riuscendo finalmente a sfidare il telepate e sconfiggerlo (con una tecnica ideata da Kojima senza precedenti su PlayStation, in cui il giocatore dovrà cambiare porta del controller per evitare che l'avversario preveda le sue mosse). Meryl recupera i sensi e insieme si avviano verso le torri di comunicazione, ma qui la ragazza viene ferita gravemente da un temibile cecchino, la bellissima e mortale Sniper Wolf, membro di FOX-HOUND, che tenta di usarla come esca per arrivare a Snake. L'uomo torna al deposito delle armi per recuperare un PSG-1 per sconfiggere Wolf, quando arriva alla torre di comunicazione riesce ad avere la meglio contro il cecchino, ma Meryl è sparita. Avanzando, Snake viene disarmato e catturato da Wolf, ferita ma sopravvissuta allo scontro.
Al suo risveglio si ritrova legato ad una macchina da tortura, manovrata da Ocelot. Il giocatore ora ha due possibilità, che influenzeranno il finale del gioco: cedere alla tortura ma consegnando ai terroristi la vita di Meryl che prenderà il suo posto sulla macchina, oppure resistere al supplizio (per farlo il giocatore dovrà premere a lungo e ripetutamente il tasto ○). Alla fine della tortura Snake viene rinchiuso in una cella, ma è in possesso di nuove informazioni: il Metal Gear REX esiste ed è armato con testate nucleari, e i terroristi sono pronti a lanciare alla scadenza dell'ultimatum. Scopre inoltre che per annullare il lancio avrà bisogno di altre due schede PAL, oltre quella ricevuta da Baker. Nella cella con Snake c'è anche il corpo del direttore della DARPA Donald Anderson, morto poche ore prima davanti a lui ma stranamente già in avanzato stato di decomposizione. Con l'aiuto di Otacon, che gli offre supporto via Codec, riesce a fuggire dalla cella grazie a un ingegnoso stratagemma (versando del ketchup consegnatogli da Otacon sul pavimento della cella e fingendosi morto agli occhi della guardia), recupera la sua attrezzatura e avanza nella struttura, raggiungendo il tetto delle torri di comunicazione dove avrà uno scontro diretto con Liquid, che lo attacca dall'Hind D, uscendone vittorioso. Dopo aver sceso la seconda torre di comunicazione, Snake attraversa un nevaio dove incontra nuovamente Sniper Wolf: ignorando la richiesta via Codec di Otacon, che lo implora di risparmiare la vita della donna, Snake elimina il cecchino con un colpo al polmone, vendicando l'aggressione su Meryl. In punto di morte, Wolf racconta all'uomo che l'ha uccisa la triste infanzia che ha vissuto, e del ruolo importante di Big Boss nel suo salvataggio. Mentre Otacon giunge sul posto in lacrime dichiarando il suo amore alla donna, Snake si rende conto del grande valore della sua avversaria, che si scusa con lui dell'attacco sferrato a Meryl, e, sotto richiesta della donna, le punta la pistola Socom al cuore e le spara, ponendo fine alla sua vita (o, come dice la stessa Wolf, "liberandola"). Le strade di Otacon e Snake si separano di nuovo: il primo si dirige agli uffici di Baker per ottenere informazioni sul Metal Gear, il secondo scende verso la fornace, diretto alla base del REX.
Superata la fornace e sceso nel cuore della base con due montacarichi, viene contattato da Master Miller, che gli rivela di aver scoperto che la dottoressa Naomi Hunter è una spia in contatto coi terroristi, che Donald Anderson e Kenneth Baker non sono morti per infarto bensì a causa del virus FoxDie, controllato dal Governo, e che la dottoressa nell'iniezione di nanoidi all'inizio della missione ha anche infettato Snake col virus mortale. Il colonnello Campbell la mette subito agli arresti ma Naomi, da un altro codec, riesce a contattare Snake per spiegargli la sua versione dei fatti: in principio voleva vendicare la morte del fratello, Frank Jaeger (suo unico parente rimasto in vita, che si credeva assassinato proprio da Snake), ma poi ha dovuto ricredersi. In preda alle lacrime per la commozione, Naomi svela anche che l'iniezione del FoxDie era stata programmata come parte integrante dell'operazione da parte del Governo. Prima di poter aggiungere altri dettagli, il colonnello scopre la conversazione tra i due e interrompe la trasmissione, intimando a un adiratissimo Snake di proseguire la missione, ignorando le sue richieste di spiegazioni e la sua rabbia nei confronti del comandante.
Snake raggiunge un'area ghiacciata dove sono stipate grandi casse di munizioni e razioni, e qui incontra nuovamente il gigantesco sciamano di FOX-HOUND, Vulcan Raven, stavolta potendolo sfidare faccia a faccia. Nonostante l'avversario sia dotato di [M61 Vulcan|mitragliatrice Vulcan], è costretto a soccombere, ma, prima di morire, rivela a Snake che l'uomo che ha visto morire nella cella nella prima struttura, il direttore della DARPA, non era altri che Decoy Octopus, membro di FOX-HOUND specialista nell'inganno, in grado di copiare anche il sangue della sua vittima. Snake, con la testa piena di domande senza risposta, riesce a raggiungere il cuore della base, dove è situato l'imponente Metal Gear REX. Mentre raggiunge la sala comandi per annullare i codici di detonazione, viene contattato da Otacon, che gli spiega di aver ottenuto accesso ai file top-secret di Baker e di aver scoperto che le testate montate sul REX sono di tipo stealth. Porta anche buone notizie, rivelando che la tessera PAL in possesso di Snake, quella necessaria per impedire il lancio, è a memoria di conformazione, in grado cioè di cambiare forma a seconda della temperatura con cui viene a contatto; quindi Snake con una sola scheda è già in possesso di tutti e tre i codici. Dopo aver inserito la scheda della temperatura ambiente, inserisce la scheda della bassa temperatura, avendola fatta freddare nella cella frigorifera dove ha sfidato Raven, e quella dell'alta temperatura, dopo averne modificato la lega tornando nella rovente fornace. Al terzo inserimento però scopre invece di aver attivato il Metal Gear, che non era stato attivato dai terroristi, avendo quindi involontariamente aiutato i terroristi ad abilitare il REX al lancio.
Snake viene prontamente contattato da Master Miller, che lo ringrazia per averlo aiutato ad attivare la testata. Nella trasmissione si intromette Campbell, che afferma di aver appena rinvenuto il corpo di McDonnel Miller, deceduto nella sua abitazione da tre giorni, e che quindi Snake ha parlato per tutta la missione con un impostore, che si rivela essere lo stesso Liquid. Snake, con l'aiuto di Otacon, esce dalla sala di comando satura di gas nervino e raggiunge il rivale, che prima di saltare nel REX per prenderne il comando, rivela di essere il fratello gemello di Snake, nati in laboratorio dalle cellule di Big Boss, e gli racconta il motivo dell'inganno. Prima dell'arrivo di Snake sull'isola, i poteri di Psycho Mantis non erano riusciti a penetrare nella mente del direttore della DARPA, quindi Ocelot decise di usare la sua macchina della tortura per estorcergli le informazioni, sperando di ottenere lo stesso risultato positivo ottenuto con il presidente Baker, ma Anderson continuava a resistere alle scariche elettriche, così Ocelot aumentò la potenza al limite, e questo portò il direttore alla morte prima che potesse rivelare il suo codice. I terroristi erano preoccupati: con il solo codice di Baker non erano in grado di lanciare la testata, e il Governo degli Stati Uniti non avrebbe mai accolto le loro richieste. Così decisero di usare Decoy Octopus per impersonare il direttore della DARPA, in modo da raggirare Snake, che per fermare il lancio avrebbe dovuto utilizzare le tessere PAL. Octopus, imitando il sangue della sua vittima, ne aveva assorbito anche il FoxDie presente, morendo quindi durante l'incontro, ma Snake successivamente aveva scoperto il funzionamento della tessera PAL con l'aiuto di Otacon, procedimento che i terroristi non erano stati in grado di scoprire. Facendo credere che il REX fosse armato e pronto, Liquid ha indotto Snake a inserire i codici che, se la testata fosse stata attiva, avrebbero disattivato il Metal Gear ma essendo già disattivo l'hanno attivato.
Liquid entra nel Metal Gear e ne prende il comando e Snake si ritrova costretto a distruggere il REX con l'aiuto dei suoi missili Stinger, colpendone ripetutamente il radome e costringendo il portellone ad aprirsi. Durante la battaglia sopraggiunge Frank Jaeger, che svela di essere l'informatore "Gola Profonda" e di non essere il fratello di Naomi bensì il suo tutore, avendone ucciso i genitori quando era piccola e nascondendole la verità. Chiede a Snake di raccontare alla dottoressa quanto appena confessato e salta sul REX, sparando al radome distruggendolo definitivamente, poco prima di morire schiacciato dal Metal Gear. Snake riesce poi a distruggere anche i meccanismi interni del REX, facendolo saltare in aria. Liquid, sopravvissuto all'esplosione, porta Snake in cima ai resti del Metal Gear per combattere con lui corpo a corpo. Qui Liquid racconta tutta la verità al fratello: il Pentagono ha iniettato il FoxDie a Snake per far sì che entrasse in contatto con tutti i soldati genetici infettandoli, in modo che il Governo potesse recuperare la preziosissima arma senza danni. Snake viene contattato dal colonnello, che si scusa con l'amico per avergli mentito, spiegando però che la vita della nipote Meryl era nelle loro mani e che quindi era obbligato a collaborare. Interrompe la trasmissione il Segretario della Difesa, Jim Houseman, che informa di aver arrestato il colonnello per aver rivelato informazioni riservate. Dopo aver scoperto che Snake non è più in possesso del disco ottico contenente i dati del REX, dà ordine di attaccare Shadow Moses con un'incursione aerea e interrompe la chiamata.
Alle spalle di Snake, il corpo di Meryl giace vicino ad una bomba con timer impostato a tre minuti. Dopo aver sconfitto ancora una volta il fratello, Snake si avvicina a Meryl che, a seconda della scelta fatta dal giocatore nel momento della tortura, si risveglierà o giacerà inerme tra le braccia del compagno. Se la ragazza è viva, Snake scapperà dalla base con lei a bordo di un'auto, ingaggiando un'ultima sfida con Liquid che li insegue su un altro veicolo, sparandogli contro con un fucile automatico FAMAS; se la ragazza è morta, il compagno di Snake in quest'ultima fase sarà Otacon. Alla fine di un lungo tunnel che attraversa il complesso fino alla superficie, i due hanno un incidente tra le auto; Liquid si rialza ferito dalla sua, intenzionato a sparare al fratello, ma proprio in quel momento si attiverà il virus FoxDie nel suo corpo che lo uccide. Il codec di Snake suona e a rispondere è il colonnello, che lo informa che il Segretario della Difesa agiva per conto proprio, all'oscuro del Presidente, e che quindi è stato arrestato e il suo ordine di attacco aereo revocato. Campbell passa poi la chiamata a Naomi, che alla domanda di Snake che le chiede quanto gli resta da vivere risponde dicendogli di vivere la sua vita giorno per giorno, nulla di più. Nonostante la promessa fatta al compagno deceduto, Snake, prima di allontanarsi dall'isola di Shadow Moses con una motoslitta, racconta a Naomi del gesto eroico di Frank Jaeger, omettendo la cruda verità che Gray Fox gli aveva chiesto di rivelarle.
La scena finale, a schermo nero, fa sentire la telefonata tra Revolver Ocelot e il Presidente degli Stati Uniti d'America, che si scoprirà essere il terzo dei figli di Big Boss, Solidus. In questa telefonata Ocelot non solo svela di aver previsto ogni avvenimento e di aver agito sotto ordini del Presidente, ma anche che è entrato in possesso dei dati del REX sottratti a Snake, che verranno venduti sul mercato nero e daranno il via ad una produzione in larghissima scala di vari modelli di Metal Gear, tra cui i Gekko e il RAY. E proprio questa diffusione di informazioni è alla base del sequel Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty e dei capitoli successivi.
Progetto "Les enfants terribles" [modifica]
Nel 1972 nasce ufficialmente il progetto "Les Enfants Terribles". L'utopia del soldato perfetto ha da sempre affascinato i governi, e specialmente i Ministeri di Difesa di tutto il mondo: un soldato in grado di resistere a qualsiasi condizione psicologica e fisica, capace delle più raffinate tecniche di combattimento e strategiche, forte e intelligente allo stesso tempo, resistente a qualsiasi malattia, con una naturale predisposizione alle battaglie, fa gola a qualunque ente militare. Il progetto in questione propugnava pertanto la clonazione del miglior soldato mai esistito: Big Boss, il "soldato leggendario". L'esperimento di ingegneria genetica decise di creare otto cloni, gemelli fra loro, tutti con gli stessi geni del grande Big Boss. Gli scienziati che si occupavano del processo di clonazione decisero che sei di questi otto cloni venissero soppressi prima della nascita per dar modo ai restanti due di perfezionarsi al meglio. Questi due gemelli cloni di Big Boss sono nient'altro che Solid e Liquid Snake. L'esperimento, inoltre, prevedeva che a Liquid andassero i geni dominanti, mentre a Solid quelli recessivi. Per tutta la storia di Metal Gear, Liquid crede di essere lui quello con i geni recessivi e che Solid abbia quelli dominanti; anche Solid la pensa allo stesso modo e ciò ha generato un odio reciproco tra i due fratelli. In realtà però non sono solo due i gemelli-clone nati dai geni di Big Boss: un terzo gemello, chiamato Solidus Snake, è stato salvato e fatto crescere come gli altri due. Questi altri non è che il presidente degli U.S.A.. Ciò viene sottilmente spiegato alla fine del gioco.
Il difetto di questo progetto è che i cloni soffrono di invecchiamento precoce, per far sì che il DNA di Big Boss non cada in mani altrui (e, infatti, ai cloni sono state tolte le capacità di riproduzione ed è stata accorciata la durata della vita). Questo spiega poiché in Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots Snake appare quasi coetaneo del colonnello Campbell, mentre Otacon mantiene ancora la sua giovane età.

La trama riprende uno dei temi centrali dell'intera saga, ovvero la trasmissione ereditaria, che in Metal Gear Solid interessava l'aspetto genetico della questione, cioè cosa si trasmette ai figli attraverso il proprio DNA. Metal Gear Solid 2 è invece incentrato sulla cultura, sulle idee e sugli insegnamenti da trasmettere ai nostri eredi, fisici o morali, e sulla differenza tra cultura ed informazione, una differenza divenuta sempre più labile nell'era di internet e del virtuale.
Capitolo della petroliera (Tanker) [modifica]
La storia si apre verso la metà del 2007 (presumibilmente intorno all'8 agosto), due anni dopo gli eventi di Metal Gear Solid, sul ponte George Washington a New York. Solid Snake e Otacon ora fanno parte di Philantropy, un'organizzazione riconosciuta dalle Nazioni Unite costituita allo scopo di eliminare i vari Metal Gear fabbricati in seguito alla vendita sul mercato nero da parte di Revolver Ocelot dei dati del Metal Gear REX. Snake, aiutato via codec da Otacon, sta indagando riguardo al nuovo Metal Gear RAY, sviluppato dai Marines come difesa contro la proliferazione di varianti del Rex. Mentre i Marines trasportano il Ray sulla petroliera U.S.S. Discovery per condurlo in un sito segreto per dei test sul campo, alcuni soldati attaccano la nave calandosi da degli elicotteri.
La missione di Snake si complica quando un commando di ex-soldati dell'esercito russo capitanati dal famigerato colonnello Sergei Gurlukovich (a cui Liquid e Ocelot avevano venduto il REX in cambio dell'Hind D, armi e finanziamenti per invadere Shadow Moses), prendono il controllo della petroliera e vi impiantano degli esplosivi Semtex. All’esterno del ponte di comando, Snake incontra la figlia del colonnello, Olga Gurlukovich, con la quale ingaggia uno scontro a fuoco. Snake riesce a tramortirla con una pistola a tranquillanti, e può così procedere verso la stiva della petroliera. Qui, una vasta truppa di Marines sta assistendo al briefing del comandante Scott Dolph sulle potenzialità del nuovo Ray e sul suo ruolo nel disarmo nucleare. Al termine del discorso fa la sua comparsa Revolver Ocelot, che applaude sarcasticamente Dolph; in quel momento irrompono le truppe di Gurlukovich, alleato di Ocelot, che prendono in ostaggio il comandante. Ocelot però tradisce Gurlukovich, uccide Dolph, e innesca l’esplosivo, intimando ai rimanenti soldati americani e russi di raggiungere a nuoto la riva e la salvezza.
Durante la confusione generale che ne consegue, proprio quando Ocelot sta per imbarcarsi sul RAY, la personalità di Liquid Snake emerge dal braccio trapiantato di Ocelot, prendendone il completo controllo. Prima di salire sul RAY, Liquid ha il tempo di schernire il fratello Solid, per poi squarciare lo scafo e fuggire dalle stive. La personalità di Ocelot torna alla normalità durante la fuga, quando avvisa Solidus Snake della missione appena compiuta (Ocelot si rivolge a Solidus chiamandolo "Signor Presidente" anche se egli non era più il Presidente degli Stati Uniti in carica).
Si potrebbe pensare che questo contraddica il fatto che Solidus stesse nascondendosi, ma non è così: Ocelot era il suo unico contatto col mondo esterno. I Patriots volevano che Solidus fosse convinto di aver rubato il RAY, così avrebbe proseguito con il suo attacco alla piattaforma Big Shell. Non è possibile che Ocelot stesse parlando con l'allora presidente Johnson, perché si scoprirà che era completamente ignaro della collaborazione esistente tra i Patriots e il veterano russo. Infatti sono i Patriots ad aver agito, al fine di convincere Solidus, di essere riuscito nel suo intento.
Capitolo della piattaforma di decontaminazione (Plant) [modifica]
Questo capitolo ha inizio il 29 aprile 2009, esattamente due anni dopo l'incidente a bordo del Tanker. Il videogiocatore assume il ruolo di "Jack", un giovane soldato dall’aspetto etereo, puro, a tratti androgino, a cui viene assegnato il nome in codice di Raiden. Raiden è un membro della rediviva FOX-HOUND e la sua missione consiste nell'infiltrarsi via mare all'interno della piattaforma di decontaminazione Big Shell e salvare il Presidente degli Stati Uniti (James Johnson) e gli altri ostaggi tenuti prigionieri da un gruppo terroristico, formato da ex membri di una cellula antiterroristica statunitense (Dead Cell) e supportato da un élite di soldati russi.
La Big Shell è la struttura di decontaminazione eretta al largo della costa di New York nel punto esatto dove due anni prima affondò il Discovery, per ripulire il mare dalle scorie petrolifere rilasciate dalla nave. Il supervisore della missione è il colonnello Roy Campbell, affiancato da Rosemary (Rose) fidanzata di Raiden, chiamata nelle vesti di analista dei dati grazie anche al suo rapporto con l’agente segreto.
Raiden scopre che la Big Shell non è altro che una elaborata mimetizzazione per lo sviluppo di una avanzata fortezza mobile chiamata Arsenal Gear. Solidus Snake, con l'assistenza dei superstiti dell'esercito privato di Gurlukovich (ora guidato da Olga) e Ocelot (che ha fatto ricadere su Snake la colpa dell'affondamento del Discovery e della morte del padre di Olga, Sergei) ha preso il controllo dell'impianto e tenterà di usarlo per combattere gli enigmatici Patriots, responsabili del furto del RAY. Con una elaborata successione di colpi di scena, viene rivelato che Raiden e Olga sono coinvolti - direttamente o indirettamente - nel piano dei Patriots per l'eliminazione di Solidus. Anche Solid Snake è sulla piattaforma, combattendo su entrambi i fronti nel tentativo di distruggere l'Arsenal. A questo scopo, è assistito da Otacon e da sua sorella Emma Emmerich, la quale ha elaborato l'intelligenza artificiale "GW" dell'Arsenal Gear, ma che ha anche programmato un virus informatico in grado di distruggerla. Poco dopo Snake viene affrontato da Fortune, che ha la meglio, e Snake viene così catturato. In seguito ancora una volta Ocelot si rivela essere un doppiogiochista, tentando di uccidere i suoi alleati su commissione dei Patriots. Liquid poi, attraverso il suo braccio trapiantato su Ocelot, prende il controllo del RAY e dichiara la sua intenzione di usarlo contro i Patriots, spronando Snake a seguirlo mentre l'Arsenal Gear è in rotta di collisione con Manhattan. Snake, quindi, si tuffa dall'Arsenal Gear all'inseguimento di Liquid. Quando l'Arsenal si ferma contro la Federal Hall di New York, i Patriots e il loro obiettivo – il controllo del flusso delle informazioni digitali, con lo scopo di assicurare una pace "Orwelliana" – vengono rivelati. Solidus spera di identificarne i nomi dei 12 Patriots usando le informazioni contenute negli impianti cerebrali di Raiden con i quali è stato controllato dai Patriots stessi. La mattina del 30 aprile 2009, a 220 anni dalla salita di George Washington alla cattedra di primo presidente degli Stati Uniti d'America, Raiden elimina Solidus sul tetto della Federal Hall (dove avvenne l'insediamento di Washington).
Dopo lo scorrere dei crediti finali, si può ascoltare una telefonata tra Otacon e Snake, in cui lo scienziato afferma di essere riuscito a decodificare il disco con il virus programmato da Emma e a scoprire le informazioni in esso criptate. Le informazioni contenute nel disco rivelano le identità di tutti i dodici membri del Comitato dei Saggi, il circolo ristretto dei Patriots, e uno dei nomi risulta sconvolgente, in quanto appartenente a uno dei maggiori finanziatori di Snake e Otacon. Con un ultimo, spiazzante, colpo di scena, Otacon rivela che i Patriots risiedono a Manhattan, ma che sono tutti morti da circa un secolo.

Missione Virtuosa [modifica]
Primavera 1964. In piena Guerra Fredda un aereo dell'esercito statunitense sorvola lo spazio aereo sovietico con a bordo alcuni membri dell'unità Fox, tra i quali Naked Snake, Maggiore Zero e Para-Medic. Scopo dell'operazione "Missione Virtuosa" è il salvataggio dello scienziato Nikolai Stepanovich Sokolov: questi infatti era riuscito a progettare e costruire un carro armato potentissimo, lo "Shagohod", in grado di lanciare, da qualsiasi terreno e posizione, missili nucleari dall'Unione Sovietica contro gli Stati Uniti. Inorridito dalla sua stessa creazione, però, Sokolov riparò negli Stati Uniti senza terminare il progetto. A questo punto, la trama di fantasia si intreccia con la realtà storica: si viene quindi a sapere che i sovietici hanno dislocato diverse testate nucleari a Cuba, un paese loro alleato. La Crisi dei missili venne poi superata non tanto con l'accordo dello smantellamento delle testate sovietiche nell'isola e di quelle statunitensi in Turchia, quanto con la restituzione di Sokolov, che ora bisogna nuovamente recuperare.
Naked Snake effettua il primo lancio HALO della storia atterrando nella regione di Tselinoyarsk. Dopo aver evitato le sentinelle, riesce a localizzare Sokolov e si accinge a riportarlo in salvo quando si presenta un giovane Ocelot, ufficiale del GRU. Snake riesce a sconfiggere Ocelot momentaneamente e prosegue verso il punto di incontro stabilito per riportare Sokolov in America, ma mentre attraversa un ponte incontra The Boss, la sua vecchia mentore, con la quale aveva sviluppato la tecnica di combattimento corpo a corpo detta CQC (Close Quarter Combat). Essa rivela a Snake di aver disertato e di aver persino portato un regalino ai suoi nuovi alleati sovietici: una testata atomica miniaturizzata. The Boss è in compagnia del colonnello Volgin (un esaltato ufficiale del GRU) e della sua vecchia squadra, l'Unità Cobra, formata da The Pain, The Fear, The End, The Fury, e la stessa The Boss. Essi rapiscono Sokolov e lo portano su un elicottero, mentre Snake se la vede con The Boss, riportando la peggio. Il colonnello Volgin, un essere spregevole e sadico, ha l'ambizione di scalzare l'attuale capo del Soviet, con un colpo di stato al fine di passare il potere a Brežnev.
Così, per cancellare le prove del suo tradimento, lancia la testata atomica portatagli da The Boss, contro il centro di ricerca dove era tenuto Sokolov. A quel punto, il leader del Cremlino chiama il presidente U.S.A. e lo accusa del grave attacco atomico; in risposta, gli viene detto che i colpevoli sono Volgin e The Boss. Al che, il leader sovietico richiede che entrambi siano catturati e uccisi dagli stessi servizi segreti americani, per evitare una crisi gravissima. Gravemente ferito nel duello con The Boss, Snake viene riportato in America e curato alla meglio, per essere poi il prescelto dai Servizi, come l'unico in grado di assolvere alla difficile missione.
Operazione Snake Eater [modifica]
Snake fa ritorno a Tselinoyarsk, una settimana dopo, ma stavolta gli obiettivi della missione sono più complessi: oltre a salvare Sokolov, dovrà distruggere lo Shagohod, uccidere il colonnello Volgin, e soprattutto uccidere The Boss in quanto disertrice e traditrice. Avanzando incontra EVA, una ex-agente della NSA, che ha disertato nell'Unione Sovietica, che lo aiuterà nel corso della nuova operazione (denominata "Snake-Eater", cioè mangia-serpenti). In realtà, secondo gli ordini di Zero, Snake avrebbe dovuto incontrare un certo ADAM, ma la stessa EVA gli annuncia che ADAM è morto. Il giorno dopo Snake si ritrova a fare i conti con l'Unità Ocelot: dopo averli sconfitti, ritrova Ocelot in persona che prende in ostaggio EVA, ma entrambi riescono a farla franca, e ad Ocelot non resta che scappare. Snake prosegue il suo cammino e ritrova ancora una volta Ocelot, che lo sfida ad una duello uno-contro-uno; subito dopo The Pain interviene con i suoi calabroni e costringe Snake a gettarsi all'interno di una caverna in cerca di riparo. Qui affronta e sconfigge The Pain, dopodiché trova l'uscita della grotta.
Raggiunge un magazzino, dove vede Volgin infierire sadicamente su Tanya (in realtà EVA, spacciatasi amante di Sokolov per poter spiare Volgin più da vicino e quindi fornire prezione informazioni a Snake). Snake arriva ai laboratori ed incontra Granin, il più grande scienziato militare sovietico, che passa il suo tempo ad ubriacarsi a causa dei suoi connazionali che hanno preferito finanziare lo Shagohod di Sokolov, e mettere da parte il suo progetto: il famigerato Metal Gear. Sentendosi tradito, Granin, cede a Snake informazioni su come raggiungere Groznyj Grad. Si dirige dunque verso la foresta ed incontra The Fear, temibile nonché invisibile avversario. Una volta sconfitto prosegue fino ad incontrare The End, leggendario cecchino ultracentenario. Si svolge allora una lunga ed estenuante battaglia tra i due, a colpi di fucile di precisione. Sconfitto anche The End, il nostro eroe prosegue fino ad incontrarsi ancora con EVA, questa volta tra le Montagne di Krasnogorje (Le Montagne Rosse); ella gli consiglia di passare attraverso l'impianto fognario che passa anche sotto il complesso, ma qui Snake si trova a fare i conti con The Fury, un folle ex-astronauta munito di lanciafiamme. Dopo averlo ucciso, Snake si ritrova finalmente a Groznyj Grad, il centro dove viene tenuto prigioniero Sokolov; per riuscire a raggiungerlo, EVA gli consiglia di rubare i vestiti a Ivan Raikov, un maggiore del GRU "amico" di Volgin, e di travestirsi da lui, grazie anche all'apposita maschera in sua dotazione. Lo stratagemma riesce, e Snake incontra Sokolov; ma ecco apparire Volgin, che lo scopre dato che Snake non conosce l'affinità tra i due. Snake viene duramente percosso, poi viene portato nella sala delle torture, dove viene massacrato dal Colonnello. Nella sala ci sono anche Tanya, Ocelot e The Boss. Ocelot comincia a sospettare che Tanya sia una spia, e per questo sfida la sua fortuna ad una roulette russa con il revolver. La scena si svolge dinanzi a Snake che, calcolando precisamente il ritmo rotante delle pistole, si accorge che il prossimo colpo sarà quello fatale, dunque tira una calcio ad Ocelot per impedire che Tanya venga colpita, e per puro caso il proiettile sparato dalla pistola colpisce l'occhio destro di Snake, rendendolo permanentemente inutillizzabile. Grazie a uno stratagemma Snake riesce a fuggire attraverso le fogne inseguito dai cani e da Ocelot, ma alla fine di essa si apre una cascata: da lì, inseguito, egli si getta, cadendo e perdendo i sensi. Mentre è nell'acqua, svenuto, ha un incontro con l'anima di The Sorrow, antico compagno di The Boss e membro dei Cobra, dotato di poteri medium. Snake, grazie a una fortissima forza di volontà, riesce a svegliarsi dall'incubo, sconfiggendo spiritualmente The Sorrow. Egli, quindi, proseguendo nella foresta in cui si è risvegliato, si incontra con EVA in una grotta, che gli riconsegna anche l'equipaggiamento sottrattogli durante le torture. Nel tepore della grotta, sdraiati davanti al fuoco, EVA cerca di dimostrare la sua "riconoscenza" a Snake, che l'ha salvata dalla roulette russa di Ocelot, ma lui rifiuta le sue avances, forse perché non vuole la pietà di EVA, avendo perduto il suo occhio destro. I due elaborano un piano per distruggere lo Shagohod, ed EVA parte a bordo della sua moto per preparare ai due una via di fuga. Penetrato nuovamente nella base, Snake piazza quindi il C3 (versione precedente del noto C4) per distruggere l'hangar contenente lo Shagohod e si allontana; ma non va molto lontano: viene fermato da Volgin che lo costringe a battersi con lui, mentre EVA viene scoperta e quasi resta uccisa. Snake sconfigge Volgin, non con poca fatica, e fugge via prima che il C3 esploda. Purtroppo il fattore strategico dell'esplosione (il carburante dello Shagohod), viene vanificato poiché gli operatori rimuovono il carburante dai serbatoi, diminuendo di molto il danno dell'esplosione: lo Shagohod non è ancora distrutto. Volgin prende il comando dello Shagohod ed inizia così la fuga di Snake ed EVA in moto. Snake allora mette mano al lanciamissili RPG-7 e con una lunghissima battaglia tra la base, l'aeroporto e la foresta vicino all'OKB, distrugge finalmente il carro armato e sconfigge anche Volgin, che viene terminato da un fulmine. Snake ed EVA, fuggendo, hanno un brutto incidente con la moto, in seguito al quale la seconda viene ferita molto gravemente; i due riescono con molta fatica fuggire nonostante uno stretto inseguimento da parte delle truppe di Volgin, e finalmente arrivano al lago Rokovoj Bereg. L'idrovolante che li porterà in salvo è pronto, ma Snake deve prima concludere la missione con quello che è il suo compito più difficile e ingrato: affrontare ed uccidere The Boss. Il duello fra i due si svolge in un enorme campo di gigli bianchi che ondeggiano al vento; alla fine Snake ha la meglio e The Boss gli chiede di finirla con un ultimo proiettile. Compiuta la missione, Snake entra nel velivolo pilotato da EVA, ormai sicuro di aver assolto a tutti i compiti; ma ecco che l'instancabile Ocelot penetra nell'aereo e costringe Snake all'ennesima sfida alla roulette russa uno-contro-uno. Nessuno dei due muore, perciò Ocelot saluta con rispetto Snake e salta dall'aereo, cadendo nel lago. Ma ecco che l'aereo è ora inseguito da due MiG-21 sovietici, che dovrebbero abbatterlo; proprio all'ultimo istante, però, il presidente Krusciov, grato a Snake per il suo successo nella missione, ordina ai suoi jet di tornare indietro. Così l'aereo riesce ad atterrare in Alaska, e i nostri due eroi possono finalmente rilassarsi davanti al camino, con un bicchiere in mano; e alla fine, anche il gelido Snake riesce a sciogliersi tra le braccia della bella EVA. Ma al risveglio, una brutta sorpresa accoglie Snake: grazie ad un registratore, EVA gli svela di essere una spia cinese e che lo ha aiutato solo per ottenere le grandi ricchezze di Volgin, la cosiddetta Eredità dei Filosofi, con la quale il Colonnello ha finanziato la costruzione di Groznyj Grad e dello Shagohod. Svela inoltre che "EVA" era il nome in codice dell'originale spia sovietica (un uomo), che lei ha ucciso per poi prenderne il posto. Ormai demoralizzato, Snake viene accolto in patria come un eroe: durante la sua visita alla Casa Bianca, il presidente in persona gli stringe la mano con gratitudine e gli conferisce il titolo di "Big Boss". Ma i pensieri di Snake tornano alle parole di EVA, incise sul registratore: la sua amica e mentore The Boss non era affatto una traditrice, anzi, era una vera eroina che per evitare una pericolosa escalation tra U.S.A. e U.R.S.S. ha deciso di addossarsi la colpa della bomba lanciata da Volgin, consapevole del fatto che il governo americano avrebbe mandato il migliore dei suoi uomini, Snake, per ucciderla, al fine di placare le ire del presidente russo. Una patriota sacrificata dal suo stesso paese, come capro espiatorio. L'epilogo ci porta in un cimitero, dove un commosso Snake posa dei fiori su una tomba dove c'è scritto: "Ad un eroe che ha salvato il mondo", The Boss, il cui ricordo vivrà per sempre nel cuore di Snake.
Finale [modifica]
Come consuetudine, ai titoli di coda segue un dialogo telefonico, questa volta tra Ocelot e il capo della C.I.A.
A lui Ocelot rivela di essere il famoso ADAM che non si è mai presentato sul luogo dell'incontro (evitando così di essere ucciso da EVA), e di aver fatto il triplo gioco. Spia americana, che si finge spia sovietica, che alla fine si rivela spia americana all'insaputa di tutti.

Nel 2018, quattro anni dopo gli eventi di Guns of the Patriots, Raiden è un agente che lavora per una delle tante PMC (compagnie private militari) che dispongono di tecnologie avanzate tra cui i cyborg, cioè ibridi tra umani e robot proprio come Raiden stesso, chiamata Maverick Security Consulting,Inc. che offre servizi di protezione e sicurezza. Tra i membri della Maverick ci sono il supervisore Boris, Kevin Washington come esperto militare, Courtney Collins come analista e il tedesco Doktor come esperto in tecnologie e e nel campo dei cyborg. Raiden si trova in uno ignoto paese africano per fare da scorta al Primo Ministro N'Mani quando viene improvvisamente attaccato dai membri di un'altra PMC responsabile di diversi attacchi terroristici di nome Desperado Enterprises LLC. Nonostante gli sforzi di Raiden il Primo Ministro viene ucciso da uno dei membri della Desperado, un cyborg di nome Sundowner, e lui stesso viene ridotto in fin di vita e privato dell'occhio sinistro da un altro membro esperto spadaccino di nome Samuel Rodrigues. Alcune settimane dopo Raiden con un corpo nuovo e più forte è costretto ad intervenire in Abcasia per impedire un colpo di stato dell'estremista Andrey Dolzaev aiutato dalla Desperado e in particolare da una cyborg di nome Mistral. Già tramite i discorsi di Mistral capisce che i piani della Desperado sono quelli di trasformare il mondo in un luogo dove il più forte ha la supremazia e può ottenere il potere combattendo per le proprie motivazioni e dopo averla sconfitta Raiden assiste al suicidio di Dolzaev che si fa saltare in aria assieme alla raffineria che osteggiava poiché impoveriva l’Abcasia visto che era di proprietà russa. La Maverick riesce a recuperare anche un robot della Desperado, dall'aspetto canino e con un'intelligenza artificiale sviluppata in grado di apprendere, in modo da riprogrammarlo come alleato di Raiden per le future missioni assegnandogli il nome Bladewolf. Seguendo le tracce della Desperado Raiden cerca di infiltrarsi in dei laboratori a Guadalajara in Messico dove incontra un orfano rapito che era riuscito a fuggire di nome George e viene a sapere che i piani della Desperado e di un'altra PMC alleata chiamata World Marshal coinvolgono il senatore del Colorado Steven Armstrong e consistono nell'estrarre i cervelli di bambini orfani rapiti dalle strade dei paesi più poveri per impiantarli in cyborg dopo un addestramento virtuale, lo stesso a cui era stato sottoposto Raiden da bambino in Liberia e progettato da Solidus Snake. Raiden riesce a salvare i bambini superstiti e decide di dimettersi dalla Maverick, la quale continua a supportarlo in via non ufficiale, per poter far irruzione illegalmente nella sede centrale della Marshal a Denver. Raiden si trova costretto ad uccidere altri cyborg sia appartenenti alla Desperado che alla polizia e questo scatena in lui un forte rimorso mosso dalle parole di Samuel e di Monsoon, un altro cyborg al comando della Desperado, in quanto per il suo scopo di salvare i più deboli sembra essere sceso a compromessi con l'assassinare persone che per lo più dopo essere state mutilate o aver sofferto per poter lavorare si erano fatte trasformare in cyborg e avevano cominciato a combattere per una causa che non li riguardava nemmeno. Raiden una volta conscio di questo accetta la propria natura ricordando quando da bambino veniva chiamato Jack the Ripper e l'euforia che provoca in lui l'uccidere i nemici e quindi riesce ad eliminare Monsoon. Procedendo, prima di affrontare e sconfiggere Sundowner scopre un intero laboratorio pieno di cervelli estratti da bambini e che vengono sottoposti ad un addestramento virtuale pieno di violenza mentre i recettori del piacere vengono stimolati e vista l'assenza di precetti morali tipica degli adulti risultano facilmente manipolabili. L'intento della Marshal è quello di far prosperare le guerre in modo da vendere al miglior offrente i loro cyborg atroci e senza pietà. Sundowner prima di essere sconfitto rivela che presto la guerra sarà inevitabile visto quello che accadrà ed è chiaro che è stato progettato un attacco terroristico imminente al presidente degli U.S.A. in visita in Pakistan che farà ricadere la colpa sul paese ospitante. Doktor preleva tutti i cervelli mentre Raiden cerca in tutti i modi di raggiungere la base della compagnia Solis dove può prendere un veivolo in grado di portarlo in Pakistan in circa mezz'ora progettato da Sunny, la figlia di Olga Gurlukovich salvata dopo gli eventi di Sons of Liberty. Lungo la strada viene fermato da Samuel in compagnia di Bladewolf che invece di attaccare direttamente la base di Solis senza difese preferisce un ultimo scontro d'onore con Raiden dove viene ucciso. Raiden quindi riesce ad arrivare in Pakistan dove Armstrong lo aspetta in una base militare e gli svela i piani suoi e della Desperado e cioè che solo la morte dei soldati americani là, ormai già diffusa sul web e spacciata per un attentato fallito al presidente in visita, scatenerà un’altra guerra non reale ma di terrore che favorirà l'industria bellica americana come quella dopo l’11 settembre 2001. Nonostante ciò il loro vero intento non è avido ma è quello di ripulire gli U.S.A. dalla corruzione e dalla burocrazia restituendo il potere alla gente in uno stato ricostituito dove però i deboli vengono eliminati e i forti invece prosperano rendendo gli Stati Uniti d'America ancora competitivi nel mondo. Armstrong vuole eliminare i conflitti provocati dalla necessità di petrolio o denaro in modo che poi ognuno combatta per quello in cui crede. Per far ciò vuole essere eletto come prossimo presidente sfruttando il giro d'affari assicurato dalla paura di attentati terroristici. Per compiere il suo piano Armstrong che nel suo corpo ha delle nanomacchine che lo rendono quasi indistruttibile deve uccidere Raiden che è l'unico testimone rimasto che potrebbe intralciarlo. Raiden sconfigge il senatore grazie alla spada ad alte frequenze di Samuel che recentemente aveva cominciato a dubitare della propria ideologia e aveva pianificato che in caso di sua sconfitta Bladewolf avrebbe dovuto consegnare la sua arma a Raiden rivelatosi più forte e quindi più meritevole di portare avanti le proprie volontà sulla tutela dei deboli. Raiden decide di non tornare al servizio della Maverick che comincia ad offrire la forza lavoro dei cyborg-bambini rieducati e quindi non usati come soldati ma continua a combattere convinto in qualche modo dalle ultime parole di Armstrong che le guerre dovute a cause così materiali debbano finire ma comunque consapevole dell'importanza della tutela dei più deboli.